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同時に、症状の再発を防ぐために薬物療法も行われます。薬物療法では、フェニペントール製剤や抗コリン剤などが用いられます。

フェニペントール製剤は、外分泌の機能障害によって低下した消化、吸収の働きを補う効果がみられます。抗コリン剤は、胃酸や膵液の分泌を抑制することによって膵臓の安静を保つとともに、膵管内圧を低下させて、膵液の流れを改善する作用があります。このほか、胃酸分泌抑制剤、Ｈ２受容体拮抗（きっこう）剤などが用いられるケースもみられます。

薬物療法の効果を上げるためには、慢性膵炎を引き起こした原因を取り除くことが大切です。特に、アルコールの摂取は病気の経過を大きく左右するので、必ず禁酒を守らなければなりません。

病気が進行して合併症が生じた場合は､それらに対する治療も必要になります。最も多くみられる合併症は、糖尿病です。慢性膵炎では、外分泌機能の低下による消化吸収障害から体重減少や栄養不良を招くケースが多いため、通常の糖尿病の治療のように食事制限を行うことが困難です。そこで、通常の糖尿病で使用される経口糖尿病薬ではなく、一般にインシュリン注射による治療が主体となります。

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