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てんかん発作を起こしやすい遺伝的な素因が関係している場合と、脳に障害や傷があるために起こる場合とがあります。一部のてんかんには発病に遺伝子が関係していたり、発作の起こりやすさを受け継ぐことが明らかになっていますが、そうしたてんかんの多くは良性であり、治癒しやすいようです。

原因がはっきりしている場合は、症候性てんかん、原因不明の場合には特発性てんかんと呼びます。症候性てんかんの原因には、出産時の仮死状態や低酸素による脳の障害や傷のほか、先天性の代謝異常や内分泌異常による脳の障害、脳炎、髄膜（ずいまく）炎、脳出血、脳梗塞（こうそく）といった疾患や、交通事故といった脳外傷による障害や傷があります。