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すなわち、先天性心臓病は小児期のみの疾患ではなく、妊娠や次の世代への遺伝を含めた一生の疾患と認識することが大切。胎児の心臓は妊娠３週ごろから形成され始め、妊娠６週すぎに心臓、大血管の構造がほぼ完成します。この過程が障害され、構造異常が発生した状態が先天性心臓病です。

原因としては、環境因子と遺伝の二つがあります。例えば妊娠１〜４カ月の母親が風疹（ふうしん）にかかると、胎児が感染しやすく、先天性心臓病を始めとする種々の異常を持った子供が生まれることがあります。一方、ある一つの先天性心臓病、例えば心室中隔欠損症がメンデルの遺伝の法則に従って遺伝することはありませんが、種々の先天性心臓病が家族性に発生しやすいことは知られており、多因子遺伝が関係していると考えられます。