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封入体結膜炎の治療では、クラミジアに有効なテトラサイクリンやエリスロマイシンの抗生剤の点眼や、眼軟膏（なんこう）が用いられます。点眼剤は涙で洗い流されてしまうので、２〜３時間ごとに点眼します。軟膏は長くとどまるので、６時間ごとの使用ですみますが、ものがぼやけて見えるという難点があります。

重篤な場合や性器クラミジア感染症があれば、エリスロマイシン、テトラサイクリン、アジスロマイシン、ドキシサイクリンなどの抗生剤の内服も一緒に行います。点眼剤と内服薬が同時に処方される理由は、新生児の場合、のどや肺にも感染が起きていることが多いからです。大人の場合は、性器から感染し、子宮の入り口に当たる子宮頚管（けいかん）、尿道などでクラミジアが増殖しているからです。

治療の原則は、抗生剤の眼軟膏を８週、抗生剤の内服薬を３週ほど続けることです。新生児の場合、２カ月ほど毎日点眼することが原則で、かなり根気が必要です。

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