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いわゆる伝染病を引き起こす細菌では、赤痢菌、腸チフス菌、パラチフス菌、コレラ菌などが挙げられます。

細菌感染以外に、ウイルス、真菌、原虫、寄生虫などの感染も原因になりますが、ウイルスを除けば多いものではありません。ウイルスが感染して起こる急性腸炎には、流行する傾向があります。腸管ウイルスのエンテロウイルスによるもの、乳児下痢症の原因となるロタウイルスによるものが多くみられます。

非感染性の急性腸炎では、暴飲暴食など飲食の不摂生、特定の食べ物に対するアレルギー、抗生物質などの薬剤、風邪や寝冷え、暑さなどによる一時的な体調不良によるものなどが挙げられます。また、鉛、水銀、砒（ひ）素などの化学物質中毒、有毒魚介類中毒、有毒キノコ中毒によるものもあります。

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