薬物療法では、脳機能の障害に由来する自閉症そのものを治すことはできません。しかし、フルオキセチン、パロキセチン、フルボキサミンなどの選択的セロトニン再取り込み阻害薬（ＳＳＲＩ）は、自閉症の子供の儀式的行動を軽減するのにしばしば効果があります。自傷行為を減らすためには抗精神病薬のリスペリドンを使いますが、運動障害などの副作用を考慮しなくてはなりません。

自閉症の症状は、生涯続きます。経過の見通し（予後）は、子供が７歳までにどの程度使い物になる言語を習得できるかによって、大きく左右されます。標準以下の知能、例えば標準的知能指数（ＩＱ）検査で50未満のスコアの子供は、成人後も施設で完全なケアを受けることが多くなります。知的障害の程度が軽く、ある程度会話が可能な子供は、早期からの適切な療育や教育がなされた場合、比較的予後がよいとされています。