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医師による治療では、手術による腫瘍の切除が基本となり、アイソトープ（放射性ヨードの内服薬）治療も行われます。

手術前には、甲状腺ホルモンを低下させておくために、抗甲状腺剤を服用する必要があります。手術後も、残った甲状腺の正常組織が小さくなり、長期間働かない場合には、甲状腺ホルモン剤の服用が必要になることもあります。

日本では一般に手術が、欧米ではアイソトープ治療が第１選択となっています。高齢者で、手術やアイソトープ治療が選択できない場合は、抗甲状腺剤の服用が行われます。

医療施設によっては、腫瘍にアルコールを注入するＰＥＩＴという治療法が行われます。ただし、ＰＥＩＴは医師側の技術を要し、腫瘍が大きいケースには適しませんが、2002年４月から、一部の施設で高度先端医療として保険適応になりました。

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