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潜伏期間は５〜12日で、普通は両目に発症します。まぶた（眼瞼（がんけん））がはれ、まぶたの内側の結膜（眼瞼結膜）が充血してむくみ、大量の目やにが出ます。かゆみや痛みが生じ、涙が多く出ます。まぶたの裏は赤くはれて、多数の小さなぶつぶつが現れます。光に対しても過敏になります。

治療を行わないと慢性化して、症状の軽快と悪化を繰り返し、後期には、小さなぶつぶつが大きくなり、血管が徐々に発達して結膜から角膜の上にまで侵入する新血管形成が現れて、視界を妨げます。

結膜や角膜に瘢痕（はんこん、ひきつれ）ができて荒れた粘膜となり、まつ毛の向きが乱れて、内側に向いてしまう逆さまつ毛になる場合もあります。あるいは、まぶた全体が眼球側にまくれ込む眼瞼内反になる場合もあります。

こうした状態になると、まばたきをするたびにまつ毛が角膜をこするので、細菌の感染、角膜の潰瘍（かいよう）や混濁など、回復不能の損傷が生じやすくなります。トラコーマにかかった人のうち約５パーセントが、視力障害や失明に至ります。

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