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治療としては、原因となっている薬剤がある場合は中止し、同時にフルコナゾール（ジフルカン）、イトラコナゾールフルシトシン、アムホテリシンＢ（ファンギゾン）などの抗真菌剤を用います。

また、薬でカンジダ菌の活動を抑えた後、外科的に切除することもあります。

普通の肺炎よりも治りにくく、治療にも時間がかかります。治療中は安静にして、栄養を十分に摂取することが大切です。免疫機能が衰えている場合は、改善されなければ肺カンジダ症は再発してしまうことになります。

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