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これで十分に弁機能が改善しない時、あるいは狭窄の場所や形態によっては、手術でしか治療できない場合もあります。手術の方法は肺動脈の狭い部分によって異なりますが、人工心肺を使って、肺動脈弁の狭窄部を取り除いて流出路を広くする手術、肺動脈弁の下部の心筋を切除して流出路を広くする手術、人工弁置換術などが行われます。

カテーテルによる治療の場合も、手術による治療の場合も、狭窄が少し残ることがあります。狭窄を完全に解除しようとすると肺動脈弁の逆流が起こってしまうこともあるため、狭窄の軽減と肺動脈弁の逆流の２つを天秤（てんびん）にかけて、治療が行われるためです。