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外科的には、心臓の構造異常の多くは修復可能で、疾患の種類に応じて各種の手術法がとられます。例えば重い先天性心臓病に対しては、人工心肺を使った手術で、壁に開いた穴をふさいだり、血管や弁の異常を治します。この際、異常な部分を正常に修復する根治手術ができれば最善です。異常の程度が高度であったり、複雑な異常のために根治手術が不可能であったり、年少のためや合併症のために大手術に耐えない時には、一時的により簡単な待機的手術も行うこともあります。

また、根治手術を行い、構造が正常に戻っても、心機能障害の低下や不整脈が残る場合もあります。人工構造物である人工弁、パッチなどの経時的な変化を観察しなければならぬため、定期的な通院が必要とされます。