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甲状腺機能低下症には、いくつか原因があります。最も一般的なのが、慢性甲状腺炎（橋本病）が長く続くことです。甲状腺が徐々に破壊されるにつれて、甲状腺の機能低下が進行します。

痛みを伴わない無痛性甲状腺炎（無痛性亜急性甲状腺炎）と痛みを伴う亜急性甲状腺炎は、ともに一過性の甲状腺機能低下症の原因になります。この甲状腺機能低下症は、甲状腺が破壊されていない一時的なものです。

さらに、甲状腺機能亢進（こうしん）症や甲状腺がんの治療で使われる放射性ヨード治療、あるいは甲状腺の外科的除去のために、甲状腺ホルモンの産生がされなくなったり、減少された場合にも、甲状腺機能低下症は起こります。

多くの開発途上国では、慢性的なヨード不足の食事が、甲状腺機能低下症の最も多い原因です。海藻類などに多く含まれているヨードは、甲状腺ホルモンを生成する材料であるからです。

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