慢性腸炎とは、腸の粘膜が長期間に渡って炎症を起こしている疾患。主に大腸が侵されることが多く、小腸炎はまれです。

この慢性腸炎になると、飲食物の栄養分の腸での吸収が十分に行われないで、便に出てしまいます。そのため、腸内での発酵が起こったり、腐敗が起こったりします。

主な症状は、急性腸炎と同様に下痢です。主に朝、または夜に下痢があり、日中には何ら異常が起きない場合もあります。下痢と便秘が交互に起こることもあります。下腹部に軽い腹痛が起こり、腹がよく鳴ったり、おならがよく出ることもあります。

排便には１日数回行くことが多く、軟便もあれば水様便もあるというように、便の状態がいろいろで、粘液や血液が混じることもあります。時には、肉眼で見られるような血液が混じっていることもあります。小腸下部から盲腸に炎症が限局している時は、出始めの便は硬く、終わりになるにつれて軟らかくなることがあります。

また、毎食後必ず便意を催すような人もあります。食後まもなく、へその回りや左下腹部に短時間の痛みが起こり、便が出ると一時的に楽になりますが、排便後に衰弱感、脱力感、倦怠（けんたい）感があります。

こういった症状が長く続くと、不安を抱いたり、神経質となって頭重、めまい、動悸（どうき）、不眠などを起こし、無気力になることもあります。栄養状態は比較的侵されないものの、子供や老人では衰弱してしまうことがあります。

慢性腸炎の原因としては、まず感染症が挙げられ、腸結核、かびの一種の放線菌によって起こる化膿（かのう）性の放線菌症、病原性アメーバの感染によって起こるアメーバ赤痢、胆管や腸内に寄生するランブル鞭毛（べんもう）虫によって起こるランブリア症などがあります。

感染症以外では、急性腸炎にかかった時の治療が不十分で、不摂生や精神的ストレス加わって起こります。時には、胃や肝臓、膵（すい）臓、心臓などの疾患から直接、間接に腸が刺激されて起こることもあります。そのほか、薬剤性腸炎によるもの、化学物質によるもの、放射線障害などによるものもあります。

原因がまだわかっていないものも多く、非特異性炎症性腸炎と呼ばれ、潰瘍（かいよう）性大腸炎やクローン病などがそれに相当します。

そのほか、薬剤性腸炎、化学物質によるもの、放射線障害などによるものもあります。

慢性腸炎の合併症として、しばしばビタミン欠乏症が起きます。生野菜や果物を食べると下痢を起こし、ビタミンの吸収が悪くなります。ことにビタミンＢ２、ビタミンＣの欠乏のために、舌や口の中に変化を起こしたり、口角炎なども起こしやすくなり、重症では体重が急激に減少することがあります。ビタミン以外の栄養障害で、貧血を起こしたり、リウマチ様関節炎を合併することもあります。